カスタマイズの結果が反映されるタイミング
ファイルをカスタマイズし、保存します。 そのカスタマイズ結果は、反映されるアプリケーションが再起動された後に反映されます。 ファイルを保存しただけでは反映されません。
例えばFinder.appの中身を変更した場合、Finderを再起動する事でカスタマイズ結果は反映されます。
ログイン時の再起動の方法は、
１、アプリケーションをcmd + Qで終了し、再起動
２、cmd + option + esc（或いはアップルメニューから）強制再起動
３、Activity Monitor.appを使う
の３つくらいでしょうか。 ３の
/Applications/Utilities/Activity Monitor.app
は、２の「アプリケーションの再起動」ウインドウにリストされないものも表示されます（プロセス単位で表示されるのです）
Activity Monitor.appを起動し（ウインドウが表示されなければcmd + 1で表示し）、終了したいプロセスを選択後、cmd + option + Qで終了なり強制再起動をします。 また、終了したいプロセスをダブルクリックする事で表示されるウインドウ経由で終了させる事も可能です。
Dock.appは終了されても自動的に起動しますが、Finder.app等の通常のアプリケーションはそのまま終了したままですので手動で起動します。 Finder.appを終了した場合、Dock経由で起動すれば良いでしょう。
★--
システムの根幹に関係するファイルはログアウトしなければ結果が反映されない場合があります。 例えば汎用のダイアログウインドウ内のアイコンはloginwindow.appが管理します。 これを終了するという事は即ちログアウトとなります。
アピアランス関連のデータはExtras.rsrcというファイルが管理してます。 これをカスタマイズした場合、再起動されたアプリケーションから順次結果が反映されていきます。 完全に反映させたい場合は再ログインすれば良いでしょう。 テストの場合はサンプルアプリケーションを再起動すれば良いです。